agent refactor: step-wise execution (#9584)

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docs/examples/agent/agent_runner/agent_runner.ipynb

docs/examples/agent/agent_runner/agent_runner_rag.ipynb

docs/module_guides/deploying/agents/agent_runner.md

docs/module_guides/deploying/agents/modules.md

docs/module_guides/deploying/agents/root.md

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llama_index/agent/openai_assistant_agent.py

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